Các Giáo hoàng đã không sống ở Vatican cho đến thế kỷ 14

Ngay cả sau khi xây dựng vương cung thánh đường Thánh Peter ban đầu, các Giáo hoàng vẫn sống chủ yếu tại Cung điện Lateran trên khắp thành phố Rome. Đau khổ vì chủ nghĩa bè phái và bị vua Philip IV thúc ép, Đức Clement V đã dời triều đình Giáo hoàng. Bảy vị Giáo hoàng tiếp theo, cũng đều là người Pháp, tất cả họ cai trị từ Avignon.

Năm 1348, nó trở thành tài sản trực tiếp của Giáo hoàng. Ở thời điểm này, các Hồng y đoàn bắt đầu có được vai trò mạnh mẽ hơn trong chính quyền nhà thờ. Một cuộc tổ chức rộng lớn, tập trung hóa các cơ quan hành chính, cũng như các cơ quan khác đã được thực hiện. Những biện pháp cải cách đối với hàng giáo phẩm bắt đầu khởi xướng, nhiều doanh nghiệp truyền giáo mở rộng, vươn xa đến tận Trung Quốc.

Đẩy mạnh giáo dục đại học, cùng nhiều nỗ lực được thực hiện bởi các Giáo hoàng để giải quyết những cuộc cạnh tranh hoàng gia và thiết lập hòa bình. Cho đến năm 1377, họ trở lại Rome. Lúc đó cung điện Lateran bị cháy, Vatican bắt đầu được sử dụng làm nơi ở của Giáo hoàng. Tuy nhiên, nhiều việc sửa chữa cần phải được thực hiện, bởi vì nơi này đã rơi vào tình trạng hư hỏng đến mức chó sói đến đào tìm xác trong nghĩa trang, những con bò thậm chí còn lang thang trong vương cung thánh đường.